Perubahan fisik yang muncul akibat hujan bagi pohon pepaya adalah meningkatnya kelembaban udara dan meningkatnya kandungan air dalam tanah. Kedua hal tersebut berdampak pada percepatan perkembangan patogen, baik jamur, bakteri ataupun virus. Kelembaban udara yang tinggi juga menyebabkan terganggunya keseimbangan pupuk tanaman di dalam tanah, serta munculnya kerusakan fisik lain berupa pecah batang dan robohnya tanaman.

Penyakit yang sering merugikan tanaman pepaya biasanya disebabkan disebabkan oleh jamur, virus mosaik, rebah semai, busuk buah, leher akar, pangkal batang dan nematoda. Apabila suatu lahan habis ditanami pepaya, sebaiknya agar ditanam dengan tanaman lainnya terlebih dahulu sebelum kembali ditanami pepaya. Hal itu dimaksudkan untuk mencegah timbulnya serangan nematoda. Tanaman yang terinfeksi nematoda akan menyebabkan daunnya menguning, layu dan mati.

Ada pula penyakit mati bujang, yang disebabkan oleh jamur Phytphthora parasitica, P. palmivora dan Pythium aphanidermatum. Penyakit ini menyerang buah dan batang pepaya. Cara pencegahannya, yaitu dengan perawatan kebun yang baik, menjaga kebersihan dan drainase. Selanjutnya adalah penyakit busuk akar yang disebabkan jamur Meloidogyne incognita. Penyakit busuk akar dicegah dengan drainase kebun yang baik. Penyakit yang disebabkan oleh jamur ini dapat dicegah dengan disemprotkan fungisida Dithane M 45, Antracol, Cupravit, Difolatan, Trimiltox dan Zincofer. Konsentrasi yang digunakan cukup 0,2-0,3%.

Satu lagi penyakit yang cukup merusak di dalam budidaya pepaya adalah penyakit keriting daun. Sesuai dengan namanya, serangan penyakit ini ditandai dengan menjadi keritingnya daun, tetapi keadaan tanaman tetap sehat dan segar. Bila diserang penyakit keriting daun, sebaiknya tanaman dicabut dan dibakar. Pengendalian penyakit keriting daun secara kimia masih sangat sulit dilakukan.

Jenis-jenis penyakit lain yang dapat menyerang tanaman pepaya, diantaranya adalah penyakit yang biasa menyerang tanaman pada kondisi lembab dan suhu dingin malam hari, yaitu bercak buah Colletotrichum gloeosporioides dan penyakit busuk akar Phytophthora palmivora.

Berikut ini adalah jenis-jenis penyakit yang menyerang tanaman pepaya, serta cara pengendaliannya.

Layu Bakteri

Penyakit yang sering menyerang tanaman pepaya adalah layu bakteri yang disebabkan oleh Bacterium papayae. Daun tanaman yang terserang bakteri ini akan mengalami layu mendadak, tanpa ditandai dengan menguningnya daun. Buah yang masih muda akan tampak pucat dan getahnya encer, serta berguguran. Penyakit layu dapat dicegah dengan drainase kebun yang baik.

Gejala penyakit ini adalah layu pada daun muda atau daun tua dan di bagian bawahnya tampak menguning. Pada batang, cabang atau pangkal batang yang terserang, jika dibelah akan terlihat bekas pembuluh pengangkutan berwarna coklat tua dan membusuk. Untuk membedakan serangan layu bakteri fusarium, rendam bagian yang terserang ke dalam air bersih. Jika penyebabnya layu bakteri, akan keluar eksudat akar seperti lendir dan putih seperti asap.

Pengendalian penyakit ini dapat dilakukan dengan

1. Pembuangan air harus bersih dan kering. Bedengan selalu kering di luar tapi lembap di bagian dalam.
2. Lakukan rotasi tanaman dengan jenis tanaman lain yang bukan sefamili.
3. Sebelum penanaman, bibit dicelupkan ke air yang telah diberi stretomisin sulfat atau ksitetrasiklin.

Rebah batang

Rebah batang dapat menyerang tanaman pepaya mulai dari pembibitan hingga tanaman berbuah. Penyebab penyakit ini adalah cendawan. Serangan ditandai dengan gagalnya kecambah muncul ke permukaan tanah atau benih muda di persemaian tiba-tiba rebah, lalu mati. Jika diperhatikan secara seksama, akan terlihat infeksi di pangkal batang sehingga berwarna coklat kehitaman dan bagian pangkal batang ini akan tampak basah. Akibat serang ini tanaman menjadi mengerut, rebah dan mati.

Cara pengendalian penyakit rebah batang pada tanaman pepaya dapat dilakukan dengan cara :

1. Menyemprotkan Previcur N 1,5 ml/liter, saat pembibitan atau 14 hari setelah tanaman.
2. Pada saat tanaman dipindahkan, tanaman di lapangan disiram larutan Previcur N 2,0 ml/liter sebanyak 200-250 ml air.
3. Penyemprotan fungisida secara berseling, misanya Mancozeb 2,0 g/l, Propineb 2,0 g/l, dengan Previcur N 1,5 ml/l sampai 2,0 ml/l.

Busuk Pangkal Batang

Serangan penyakit ini mengganas pada musim hujan. Pangkal batang akan membusuk dan berwarna coklat kehitaman. Pohon pepaya akan layu, lalu mati tanpa proses daun menguning. Jika tidak segera dipotong, penyakit busuk pangkal batang akan menular ke tanaman lainnya. Daun tampak seolah-olah tersiram air panas, sehingga bentuk dan ukurannya tidak teratur. Buah akan menjadi berwarna coklat dan tampak basah, lalu lepas dari kelopak dan membusuk.

Cara mengendalikan penyakit ini dapat dilakukan dengan cara

1. Bagian tanaman yang terserang dipotong dan diolesi fungisida Mancozeb 10 g/l dan Previcur N 5,0 ml/liter.
2. Penyemprotan secara bergilir antara Mancozeb 2,0 g/l, Propineb 2,0 g/l dan Previcur N 3 ml/l atau campuran antara Previcur N 1,5 ml/l dan Klorotalonil 1,0 gram/l.

Antraknosa

Antraknosa merupakan penyakit yang sangat ditakuti petani. Musim hujan dengan suhu dan kelembaban yang tinggi menjadi penyebab meningkatnya serangan penyakit ini. Penyebabnya adalah cendawan Colletotrichum capsici dan Gloeosporium piperatum. Colletotrichum capsici akan membentuk bercak coklat kehitaman, kemudian terjadilah busuk lunak. Serangan berat akan menyebabkan buah mengering dan keriput. Sementara Gloeosporium piperatum akan menyerang buah yang masih muda dan menyebabkannya menjadi busuk pada bagian ujung.

Penyakit antraknosa ini dilaporkan hampir ditemukan di seluruh dunia. Adapun gejala serangannya antara lain sebagai berikut :

1. Pada buah muda ataupun tua, permukaannya tampak bercak berair dan berkembang dengan cepat hingga berdiameter 3-4 cm.
2. Bercak luka menurun dan berwarna merah tua kehitaman yang menampakkan massa spora yang berbentuk melingkar.

Upaya pengendalian penyakit antraknosa dapat dilakukan dengan cara

1. Treatment benih.
2. Rotasi tanaman.
3. Aplikasi fungisida Victory 80 Wp diselingi Promefon 250 EC.
4. Buah yang terserang dipanen setiap hari dan dipisahkan lalu dibakar.
5. Penyemprotan fungisida campuran Rovral 0,5 g/l dan Mancozeb 2,0 g/l atau dapat dengan Derosal 0,5 ml/l dan Propineb 2,0 g/l